Al centro del presbiterio si eleva il ciborio di Alfano da Termoli, anch’esso ricomposto nel 1954 dal soprintendente ai monumenti di Puglia e Basilicata, Franco Schettini. Committente dell’opera fu l’arcivescovo Marino Filangieri (1226-1251) insieme alla recinzione presbiterale realizzate per mano del Magister Peregrino di Salerno. L’opera è descritta, prima della demolizione, in una perizia, del dicembre 1710 del canonico Gaetano Colella di Bari e di Vincenzo La Greca di Roma:
«Nel piano di detto presbiterio o capo-coro posano due delle quattro colonne che ornano l'altar maggiore, le quali sono di marmo bianco. Nei lati del medesimo altare si vedono due balaustrette di marmo traforato che fanno antiparo da una parte alla boffetta dell'abaco e dall'altra alla credenza. Attaccate al detto riparo vi sono due portelle a forza, cioè nei muri laterali, aggiunte per comodo dei ministri i quali riguardano l'altar maggiore, et si serrano et aprono secondo il bisogno. Nel piano di detto capo-coro vi sta situato l'altar maggiore all'uso delle basiliche romane da poter celebrare dall'una e dall'altra parte con a piedi tre gradini corrispondenti (ai tre già descritti). Vi sono altre due colonne di verde antico, che con quelle di dietro mantengono il cupolino lanternino, ornamento di detto altar maggiore, che posano con la base sopra il secondo gradino di porfido rosso».

Segue una minuziosa descrizione della posizione degli stalli dei canonici, dei preti e dei seminaristi e poi la perizia finisce con la descrizione della balaustra.