L'arcivescovo Rainaldo promuove dopo il 1170 la ricostruzione della cattedrale ereditata dai suoi predecessori mantenendo sostanzialmente inalterato l'impianto della navata tripartita e forse quello dell'unica abside. I costruttori di Rainaldo mirano ad assimilare la cattedrale al nuovo modello della Basilica di S. Nicola, alla quale si continuava a lavorare. Su quel modello viene costruito il transetto, con relativa cripta a sala sotto il nuovo presbiterio, nella quale vengono trasferiti i segni del culto rimossi dall'antica confessio: l'altare con le reliquie di S. Sabino e le epigrafi.

La nuova cripta, popolata di colonne, non comunica con la confessio e sopraeleva il presbiterio di un metro e mezzo circa. Lo scavo della cripta cancella in quell'area ogni traccia di strutture precedenti. L'innesto del nuovo transetto alla navata è segnato dai piloni che nella chiesa superiore sostengono l'arco trionfale.

Verso oriente, all'unica abside ne vengono aggiunte due minori oltre a due campanili, impostati a livello della cripta come cappelle, mentre gli spazi ricavati nell'intercapedine fungono da sacrestie. Nel braccio longitudinale, i primitivi sostegni dei colonnati sono sostituiti da due solidi muri continui che serrano l'antica confessio, ne rispettano gli accessi e si prolungano verso ovest inglobando anche l'ambiente con il pavimento musivo e la grande rota, ancora una volta rispettata.

Nella chiesa superiore, sui due muri di catena, sono riposizionate le colonne antiche, di marmi colorati e granito alternati. Sulle primitive fondazioni sono ricostruiti in elevato anche i muri esterni, a nord, sud e ovest, sui quali sono rimontate le cornici in marmo greco dei cinque portali, opera di Acceptus.