Purtroppo la redazione settecentesca della chiesa è stata quasi del tutto cancellata dai "restauri", iniziati alla fine del XIX secolo e terminati nel secolo successivo. Una grave perdita per la storia dell'arte napoletana in Puglia, poiché l'aspetto che la cattedrale di Bari, dopo l'intervento del Vaccaro, da quel che si può giudicare dalle testimonianze fotografiche superstiti, era quello di un vero e proprio capolavoro dell'architettura rococò meridionale.
Un'idea dell'impatto visivo che doveva produrre la cattedrale barese nel suo nuovo aspetto può ricavarsi dall'interno della vicina chiesa di S. Giacomo, fatta anch'essa oggetto, nella prima metà del Settecento, d'un vasto restauro da parte dello stesso Vaccaro e della folta schiera di aiuti che lo seguì da Napoli: Giuseppe Sammartino, Francesco De Mura, Giovanbattista Lama, Carlo Tucci, Giuseppe Marra, ecc.
Se fino all'epoca di Muzio Gaeta I senior (1698-1728), si potevano ancora individuare gli interventi che si erano succeduti nel tempo e quindi "leggere" la storia della cattedrale nel suo divenire, con i radicali lavori promossi da Muzio Gaeta II, verso il 1735, ciò divenne impossibile. Il Vaccaro creò un progetto che trasformava radicalmente il duomo, sovrapponendo alla struttura architettonica romanica "la concezione spaziale luminosa tipica del gusto tardo barocco e rococò napoletano". Oltre a curare la "rifazione" delle navate superiori e della cripta, disegnò tutti gli elementi (le decorazioni con angeli, i cartigli, le volute, gli altari marmorei, le coperture), comprese le dorature e i dipinti.
Carlo Tucci fu l'autore degli altari in marmo, della balaustra del presbiterio e del fonte battesimale. Giuseppe Marra eseguì gli stucchi; Giovanbattista Lama firmò i dipinti.
L'aspetto settecentesco della cattedrale si può tuttora cogliere soltanto nella cripta (realizzata intorno al 1738 e terminata nel 1749) risparmiata dai restauri. Per il rifacimento della cattedrale furono impiegati dieci anni.